医療機関から支払われる勤務医への診療行為（保険診療）の報酬は、通常、給与所得となります。これは、通常医療機関と医師との間に雇用契約が結ばれるためです。
雇用契約は、一般的には労働者に対して指揮命令があり、勤務場所・勤務時間の拘束があり、かつ報酬が従事した時間に対して支払われるものをいいます。
医療機関の場合は、理事長や院長の管理のもと、勤務場所と勤務時間が決められており、時給や日給によって給料が支払われることが一般的であり、そのようなケースでは契約の名目にかかわらず雇用契約となり、受け取った給料は給与所得となります。

それでは、いわゆる産業医に支払われる報酬はどのように扱われるのでしょうか。
この点、国税庁の質疑応答事例によれば、個人の医師（勤務医・開業医）が産業医として勤務している会社などから受け取る報酬は、原則として給与になるとされています。これは、一般的には産業医の業務は勤務場所・勤務時間の拘束があり、時間給などで報酬が支払われるためです。
ただし、その事例は、直接会社から産業医報酬をもらっているケースであり、医師と派遣先の会社の間に産業医の仲介会社が入っているケースについて、直接定めているものではありません。
仲介会社から医師に対して報酬が支払われる場合には、仲介会社と医師との間に業務委託契約が結ばれることがあり、この場合には事業所得または雑所得として扱われるケースもあります。
国税庁の質疑応答事例でも、医療法人がそこで働く勤務医を産業医として派遣して、医療法人が受け取る委託料は、医療法人の「その他の医業収入」となるとされており、つまり医療法人の収益となるとしています。この取り扱いからしても、個人の医師が仲介会社から受け取る報酬が、個人にとっての収益(売上)、つまり事業所得または雑所得の収入となる可能性はあると考えられます。

また、診療行為（保険診療）に対する報酬および産業医報酬以外の報酬で、医療機関から支払われるものについては、通常、上記の雇用契約の要素を充たすものが多いと考えられ、給与所得になる場合が多いといえます。
過去の判例でも、非常勤医師に対する報酬は事業所得または雑所得ではなく、給与所得と認定されるケースがありました。

もっとも、形式的にも実質的にも医療機関と医師の間に業務委託契約が結ばれているケースにおいては、事業所得または雑所得になる余地はあるといえます。例えば、医療機関から医師へ診療行為を委託しているわけではなく、医療機関の管理業務を委託しているようなケースでは、形式的・実質的に、雇用契約ではなく、業務委託契約となり、受け取った報酬についても事業所得または雑所得となることがあります。

給与所得として申告しなければならないか、または事業所得・雑所得として扱うことができるか、一律の判断基準はありませんが、事業所得・雑所得にする余地は全くないとまでは言い切れません。この辺りは税務リスクも考慮しながら慎重に判断しましょう。
なお、給与所得か、事業所得または雑所得かについては、受け取る側の問題のみならず、支払う側においても消費税上、課税仕入になるかならないかといった差が出てきます。

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